Services de RECOLNAT
Services
L’infrastructure RECOLNAT a pour mission générale de produire, mobiliser, rassembler, harmoniser et donner accès aux collections naturalistes et à leurs données ancillaires. Ces accès peuvent être physiques (consultation des collections) ou virtuels (numérisation, informatisation, données et métadonnées, etc.). L’ambition est de pouvoir proposer aux communautés scientifiques des données naturalistes de qualité, à la bonne échelle, interopérables et dans le bon format, permettant de répondre aux grands enjeux environnementaux et sociétaux.
En tant qu’infrastructure de recherche, RECOLNAT sert l’ensemble de la communauté scientifique, avec un accès déterminé par la qualité des projets scientifiques. Elle est une infrastructure distribuée, tout comme les grandes bases de données ou les réseaux d’instruments, et permet une production scientifique importante, en qualité et en quantité. Pour le seul Muséum national, ce sont près de mille demandes de chercheurs extérieurs qui sont faites chaque année, totalisant plus de huit mille jours de consultation et plusieurs centaines d’articles scientifiques publiés dans des revues à comité de lecture.
Voici les quatre principaux services offerts par l’infrastructure RECOLNAT.
Les collections naturalistes
Les collections naturalistes conservées en France représentent environ 120 millions d’objets, soit près de 5 % de l’ensemble des collections mondiales. Ces archives de la biodiversité et de la géodiversité représentent aujourd’hui un patrimoine irremplaçable et sont des atouts indéniables pour la recherche scientifique présente et future. Elles sont également le moyen de rendre possible l’accès des citoyens vers ces objets sources de délectation, d’éducation et de recherches, tous témoins d’une culture naturaliste. La conservation et l’étude de ces objets se font dans plus d’une centaine d’établissements publics ou privés, de recherche, patrimoniaux ou d’éducation.
Ces collections ont fondamentalement un double rôle : d’une part celui, traditionnel, d'objet de référence pour la description et l’étude du monde vivant et inerte, et d’autre part, celui d’une gigantesque campagne d’observations diachroniques accumulées au fil du temps. Ainsi, l’ensemble de ces objets et archives constituent un immense réservoir de connaissances et de données scientifiques, en faisant une ressource pour la recherche fondamentale et les enjeux de société équivalente aux grands instruments de la physique ou de l’astronomie. Au-delà de l’accès aux données, les collections offrent des preuves tangibles et matérielles qui permettent la reproductibilité des expériences et des analyses sur les spécimens, leur octroyant une place cruciale dans toute démarche scientifique.
L’accès aux collections
L’accès aux collections est réalisé grâce à une interface de consultation développé par RECOLNAT. Cet outil permet de rechercher, requêter et accéder aux données des spécimens informatisés ou numérisés dans les établissements membres et partenaires de l’infrastructure RECOLNAT. Riche de plus de 10,8 millions de spécimens et provenant de plus de 75 institutions en France métropolitaine et dans les Outre-mer, le portail met à disposition les images des spécimens sous la forme de double numérique. Les images produites et rassemblées par l’infrastructure sont réutilisables dans le cadre de la licence ouverte Etalab. De même, les données sélectionnées peuvent être librement exportées sous forme de jeux de données prêts à l’emploi. Enfin, sur simple authentification et attribution de droits, un outil de saisie est disponible et permet d’entrer et d’informatiser des spécimens dans la base de données.
Outil de science participative
Les Herbonautes sont un programme de science participative (crowdsourcing) qui permet à une communauté riche de plus de 4 000 contributeurs d’enrichir les métadonnées et données descriptives des spécimens de collection. Depuis 2012, ce site propose de contribuer à la complétude de la base de données de l’infrastructure à partir des millions de photos des plantes des herbiers numérisés et leurs étiquettes. Les données descriptives contenues permettent de transcrire notamment les lieux et dates de collecte, le nom des récolteurs ou d’autres informations qui permettent d’améliorer la connaissance de la biodiversité et ses dynamiques.
Des appels à projets sont publiés régulièrement afin d’aligner stratégiquement les enquêtes proposées avec les questions scientifiques des équipes de chercheurs, qu’elles soient nationales et internationales. La qualité des projets est évaluée par le conseil scientifique et les projets retenus font l’objet de paniers d’images qui seront traités par la science participative. Depuis le début du projet, 121 missions ont permis l’informatisation complète de plus de 440 000 spécimens des collections.
En 2020, une mission de transcription sur les collections paléontologiques a été lancée sous le libellé « les Paléonautes ». La plateforme participative des Herbonautes pourra servir plus largement à la documentation et à la complétude des notices des spécimens des collections scientifiques détenues par les institutions dans les années à venir.
Vers une paillasse virtuelle
Annotate est un outil qui permet de produire des données sur les images des spécimens des collections naturalistes à travers la documentation par annotation et la prise de mesures. Il est particulièrement adapté pour mesurer différents caractères et paramètres morphométriques. Les éléments produits peuvent être exportés en une table de données structurées. Des outils élémentaires de statistiques automatisés sont également disponibles. Annotate peut aussi être couplé avec le logiciel Xper3, développé par le laboratoire d’informatique & systématique (LIS), ce qui permet d’exploiter les données recueillies et faciliter la création de clés de détermination interactives multi-critères.
Une communauté professionnelle
L’infrastructure RECOLNAT propose de rassembler les acteurs en charge de la conservation et l’étude des collections naturalistes en France. À travers son action, son ambition est de faire le lien entre des ensembles et des compétences morcelées sur le territoire, et promouvoir les collections naturalistes et leur intérêt pour la recherche d’une voix forte.
Les communautés scientifiques visées par RECOLNAT sont en premier lieu celles des naturalistes qui s’intéressent à des sujets comme l’inventaire de la diversité biologique, la modélisation de la vie ou la phylogénie. Faciliter l’exploitation de ces masses de données difficilement accessibles jusque-là va donc permettre d’accélérer l’inventaire de la biodiversité mondiale, ainsi que la mise au point de modèles prédictifs des modifications des flores et des faunes. Par ailleurs, et bien au-delà de ces communautés, l’archivage d’objets dûment documentés intéresse aussi celles qui travaillent sur les changements globaux, la sécurité alimentaire, les ressources minérales et la santé. Le périmètre de l’infrastructure RECOLNAT inclut ainsi également la paléontologie, et plus largement les géosciences, ainsi que les ethnosciences.
Dans ce cadre, l’infrastructure permet la rencontre et les échanges entre les professionnels des collections naturalistes de France. Depuis 2013, elle organise des séminaires, des formations et des rencontres professionnelles (e.g. journée des herbiers ou des collections de zoologie, formations…).